二、交叉表卡方检验

三、配对、趋势卡方检验

一、描述性统计分析

1：课程内容和理念

2：初识机器学习

3：机器学习使用的技术栈

4：本章总览

5：数据长什么样

6：机器学习的主要任务

7：机器学习的种类

8：机器学习的误区和局限

9：相互关系和学习路线

10：jupyter的高级使用

11：numpy基础

12：ndarray的创建

13：numpy索引

14：numpy的合并和分拆

15：numpy矩阵运算

16：numpy矩阵统计运算

17：numpy数组arg运算和排序

18：numpy神奇索引和比较

19：机器学习的可视化

20：KNN算法（最近邻算法）

21：数据集划分

22：模型评价

23：超参数

24：特征归一化

25：KNN算法用于回归

26：KNN算法的优点和缺点

27：线性算法

28：线性回归

29：逻辑回归

30：线性回归代码

31：模型评价

32：多项式回归

33：逻辑回归算法

神经元

速通AI大模型基础

生物演化：分子演化的基础（顾红雅）

生物演化：分子演化理论（顾红雅）

生物演化：有效种群大小（顾红雅）

生物演化：中性理论（顾红雅）

青格历史

群体演化

群体遗传学

人类六万年：基因中的人类历史

人类起源与迁徙之谜（第四章）

人类起源与迁徙之谜（第五章）

无字史记

西西弗神话

中国少数民族通史

sync

8-氧基脱氧鸟嘌呤（8-oxo-dG）

阿尔泰山脉

阿尔泰语系（Altaic languages）

阿尔乌斯塔（Al Wusta）

阿凡纳谢沃文化（Afanasievo）

阿克瑟斯文明（Oxus civilization）

阿里多美洲（Aridoamerica）

阿留申人（Aleut）

阿穆尔地区

阿匹迪马洞穴（Apidima Cave）

阿维斯陀语（Avestan）

阿伊努人

爱斯基摩人（Eskimo）

安德罗诺沃文化（Andronovo culture）

安多藏族

安纳托利亚假说（Anatolian Hypothesis）

安纳托利亚农业人群（Anatolian farmer）

奥库涅夫文化（Okunev Culture）

巴克特里亚·马尔吉亚纳文明区（Bactria–Margiana Archaeological Complex，BMAC）

靶向测序(Targeted sequencing)

白令海峡（Bering Strait）

白马藏族

百越族群

班图语系(Bantu)

伴随删除的倒置重复Inverted duplication associated with a deletion

胞质线粒体内膜小泡（vesicles derived from the IMM，VDIMs）

保守序列区块(Conserved sequence block, CSBs)

鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii, AB)

北京猿人

北美洲（North America）

贝加尔湖

贝丘文化(Shell-Mound Culture)

贝塞马（Besemah）

贝叶斯方法(Bayesian methods)

贝叶斯进化树分析(Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees，BEAST)

贝叶斯马尔科夫链蒙特卡罗分析（Bayesian MCMC analysis）

贝叶斯天际线图(Bayesian Skyline Plot, BSP)

贝叶斯系统发育模型

贝冢（贝丘遗址）

背景选择(background selection)

比达友 (Bidayuh)

必需氨基酸 1

避难所（Refuge）

扁扁

变分自编码器(Variational Autoencoder, VAE)

变换器(Transformer)

变异聚合关联（variant aggregate association）

标准化的赔率比（standardized odds ratio，SOR）

表达定量性状位点（Expression Quantitative Trait Locus,eQTL）

丙二酰辅酶-A-辅酶蛋白质转移酶(malonyl-CoA-acyl carrier protein transacylase,MCAT) 1

并存实验（Parabiosis experiments）

伯克霍尔德氏菌(Burkholderia dolosa)

博泰文化（Botai）

不完全谱系分选(incomplete lineage sorting,ILS)

布哈拉绿洲假设（Bactrian Oasis Hypothesis）

布赫纳氏菌(Buchnera aphidicola)

布农族（Bunun）

藏缅语（Tibeto-Burman languages）

藏族

草原假说（Steppe Hypothesis）

测地线距离（Geodesic Distance）

测序覆盖度（Sequencing Coverage）

测序后数据处理概览

测序深度（Sequencing Depth）

插入序列(Insertion sequences, ISs)

差莱族(Chao lay)

铲形门齿

肠沙门菌(Salmonella enterica, S. enterica)

超度量树(Ultrametric Tree)

超显性(overdominance)

沉默突变

成簇规则间隔短回文重复关联系统 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats associated system ,CRISPR-Cas)

成纤维细胞生长因子21（Fibroblast Growth Factor 21，FGF21）

冲绳岛（Okinawa island）

楚桑遗址(曲桑遗址）

磁山遗址

从父居（patrilocal）

从母居（matrilocal）

从头(de novo)

从头NUMTs（De novo NUMTs）

从遗传差异推断种群分离时间(Inference of population separation times from genetic divergence)

错义变异（Missense）

搭车变异（hitchhiked variants）

达尔德语（Dardic languages）

大肠杆菌(Escherichia coli)

大松山

大汶口文化

大溪文化

大猩猩(Gorilla)

大圆距离（Great Circle Distance）

大圆距离与测地线距离

大猿(Great Ape)

傣族（Tai people）

袋獾（Sarcophilus harrisii,塔斯马尼亚恶魔）

丹尼索瓦人(Denisovan)

单倍群(haplogroup)

单倍型（haplotypes）

单倍型分辨率的参考基因组(Haplotype-resolved reference genomes)

单精度(Single Precision)

单链 DNA 结合蛋白 1（single stranded DNA binding protein 1 ，SSBP1） 1

稻(Oryza sativa L.)

德穆安(Temuan)

等位基因分数（allelic fractions）

等位基因频谱(allele frequency spectrum,SFS)

等位基因频谱(allele frequency spectrum)

氐羌（古）

狄利克雷分布

抵消模型

颠换(transversion)

典型的nDNA结构变异

典型mtDNA变异

电压依赖性阴离子通道(Voltage-Dependent Anion Channel, VDAC)

电子传递链(Electron Transport Chain, ETC)

丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)

定向选择(directional selection)

东家人

东南亚大陆（Mainland Southeast Asia,MSEA）

东南亚岛屿(Island Southeast Asia, ISEA)

东乡族（Donghxiang）

端点定年法(Tip-dating)

短散布核元件(Short Interspersed Nuclear Elements, SINEs)

对应分析 (Correspondence Analysis, CA)

多击(multiple hits)

多速率分子钟(multi-rate clock)

多态性（Polymorphism）

多维缩放(Multidimensional Scaling, MDS)

多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing, MLST)

多物种溯祖(Multispecies Coalescent, MSC)模型

多序列比对(Multiple sequence alignment, MSA)

多样性选择(diversifying selection)

多中心假说

多重耐药(multi-drug resistant, MDR)

额济纳河（黑河，弱水）

二里头文化

二里头遗址

泛化(Generalization)

泛基因组(Pangenomes)

非必须氨基酸 1

非法重组(Illegitimate recombination)

非加权算术平均法(Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, UPGMA)

非确定性多项式难问题(Non-deterministic Polynomial-time hard problem,NP-hard problem)

非陶器时期(aceramic,non-pottery)

非同义突变(Non-synonymous mutation)

非同源末端连接(Non-Homologous End Joining,NHEJ)

非同源重组(Non-homologous recombination, NHR)

非整倍体(Aneuploidy)

非洲（Africa）

吠陀（Vedic）

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae, KP)

分层LD分数回归（Stratified Linkage Disequilibrium Score Regression，S-LDSC,S-LDSC)

分子方差分析（AMOVA ，Analysis of Molecular Variance)

分子钟定年方法(molecular dating approach)

分子钟理论估计的总突变数目（θ）

风险比（Odds Ratio, OR）

负选择(Negative selection)

附属基因(accessory genes)

副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)

富含亮氨酸重复序列的G蛋白偶联受体(Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor, LGR)

富集分析之桃园三结义：GO、KEGG、GSEA

概率(probability)

甘青地区

橄榄假单胞菌(Pseudomonas savastanoi)

冈崎片段（Okazaki frageme）

高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(Hypervirulent Carbapenem-Resistant K. pneumoniae, hvCRKP)

高棉人（Khmer）

高山古城遗址

高通量测序技术(High-throughput sequencing, HTS)

高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)

仡佬族

革家人

格鲁吉亚人

更新世(Pleistocene)

功能冗余(functional redundancy, FR)

宫古岛（Myaaku(Miyako) island）

共定位

共分化(Co-divergence, Fahrenholz’s rule)

共线性(Colinearity)

共线性比对法(synteny-based phylogenetic dating)

共享单倍群分析 (Sharing haplogroup analysis)

估计突变率（Estimating mutation rates）

孤儿基因(orphan genes)

古病原体基因组学(Ancient pathogen genomics)

古环境DNA (Ancient environmental DNA, aeDNA)

古崎文化(Gusuku Culture)

古人类渐渗(Archaic Homo introgression)

古丝绸之路

管家基因(Housekeeping Genes)

广西

过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子-1α（PGC-1α）

哈萨克族

海德堡人

海南

汉藏语系

汉明式距离(Hamming distance)

和平文化（HòabÌnhian Culture)

河姆渡遗址

核内复制机器1（Ribonucleotide Reductase Regulatory Subunit M1,RRM1) 1

核糖核酸内切酶(RNase)

核糖体蛋白多位点序列分型(ribosomal multilocus sequence typing, rMLST)

核心基因(core genes)

核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing, cgMLST)

黑猩猩(Pan troglodytes)(Chimpanzee)

恒定速率（invariable,I）

横北遗址

红山文化

宏基因组(Metagenome)

宏进化(Macroevolution)

猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)

后期有丝分裂组织（post-mitotic tissues）

后验包含概率(Posterior Inclusion Probability,PIP)

后验概率

华北地区

华莱士线（Wallace's Line）

华莱西亚(Wallacea)

华龙洞

化石标定（fossil calibration）

环形弧菌(Vibrio cyclitrophicus)

黄河流域(Yellow River valley)

回归分析因子（REGR）

回辉人 Utsat

回族

汇总采样策略（pooled sampling strategy）

活性氧种(Reactive Oxygen Species, ROS)

机器学习(Machine learning)

基底欧亚人（basal Eurasian ancestry）

基因级稀有变异关联研究（RVAS）

基因间区域（intergenic regions）

基因裂解(gene fission)

基因频率和表达的综合选择 (Integrated Selection on Allele Frequency and Expression，iSAFE)

基因融合(gene fusion)

基因失活变异（Protein-truncating Loss-of-Function，pLoF）

基因适应（Exaptation）

基因突变（Gene mutation）

基因重复(Gene duplication)

基因组测序技术

基因组分类数据库(Genome Taxonomy Database, GTDB)

基因组分类数据库工具(Genome Taxonomy Database Toolkit, GTDB-Tk)

基因组进化速率分析（Genomic Evolutionary Rate Profiling，GERP）

基因组重复区域

基于距离的定位(Distance-Based Placement，DBP)

基于孔板的平台（well-based platforms）

基于液滴的微流控（droplet-based microfluidics）

基于祖先重建的定位(Ancestral-Reconstruction-Based Placement，ARBP)

激活转录因子(Activating Transcription Factor, ATF)

嵴连接（Crista junction, CrJ）

计数布隆过滤器(Counting Bloom Filters, CBF)

伽马分布（Gamma distribution,Γ）

嘉莱族（Giarai, Jarai）

嘉绒藏族

甲基化

贾湖遗址

假阳性（False positive）

假阴性（False negative）

检索增强生成(Retrieval-Augmented Generation, RAG)

简鼻亚目（Haplorrhini）

简约进化(reductive evolution)

江苏

接合(Conjugation)

结构变异（Structural Variations, SVs）的机制

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)

截短突变（truncating mutations）

解剖学意义上现代人(anatomically modern human, AMH)

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)

近大洋洲(Near Oceania)

近似贝叶斯计算(Approximate Bayesian Computation, ABC)

进化定位算法(Evolutionary Placement Algorithm, EPA)

粳稻

精确率(precision)

精子发生过程

净化选择(purifying selection)

旧石器时代

居延海

局部分子钟(local multi-rate clock

局部最优解(Local optima)

距离隔离效应(Isolation by Distance, IBD)

聚合酶链式反应（PCR）

卷积(convolution)

卷积神经网络(Convolutional Neural Networks, CNN)

均匀分布

卡方检验(chi-square test, χ² test)

卡夫泽（Qafzeh）

卡拉苏克文化（Karasuk culture）

开放阅读框(open reading frames, ORFs)

康巴藏族

抗菌耐药基因(Antimicrobial resistance genes, ARGs)

柯利弯曲菌(Campylobacter coli)

科伊桑语系(Khoisan)

壳基因(shell gene)

可移动元件(mobile genetic elements, MGEs)

克隆复合群(Clonal complex, CC)

克隆干扰(Clonal interference)

空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)

空间复杂度（Space Complexity，SC）

空泡形成毒素A (Vacuolating Cytotoxin A, vacA)

库尔干(Kurgan)

库尔干假说（Kurgan hypothesis）

跨物种传播（CST）

快车模型(Express-Train)

扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP)

扩展贝叶斯天际线图（Extended Bayesian Skyline Plot，EBSP）

扩展单倍型同源性（ extended haplotype homozygosity，EHH）

垃圾注释残余变异不耐受评分（Junk Annotation Residual Variation Intolerance Score，JARVIS）

拉帕努伊（Rapa Nui）

拉皮塔文化复合体(Lapita complex)

老挝

离散多速率分子钟(discrete multi-rate clock)

黎族（Li）

连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)

连续进化附带杂交假说

连续时间马尔可夫模型(Continuous-time Markov chain, CTMC)

联合衍生等位基因频率谱（joint Derived Allele Frequency spectrum， joint DAF）

镰刀型细胞贫血病

良渚文化

亮岛

邻接法(Neighbour Joining, NJ)

临床研究中基线信息的统计分析与统计图表

磷酸二羟丙酮

流行超级谱系(Epidemic super-lineage, ESL)

琉球群岛（ Ryūkyū islands）

琉球王国（Ryukyu Kingdom）

硫酸乙酰肝素（Keratan sulfate，KS）

瘤胃球菌属(Ruminococcus)

龙山文化(Longshan culture)

鲁凯（Rukai）

卵母细胞闭锁（follicular atresia）

罗百氏傍人（Paranthropus robustus）

麻风病(leprosy)

马鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia mallei)

马尔科夫链(Markov Chain)

马尔科夫链蒙特卡罗(Markov Chain Monte Carlo, MCMC)

马尔科夫模型(Markov model)

马家窑文化

马尼人(Maniq)

马桥文化

脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis, PFGE)

梅毒(syphilis)

梅毒螺旋体(Treponema pallidum pallidum, T.p.pallidum)

梅勒氏卡盘

梅山文化（蚩尤文化）

每百万比对读取中每千碱基外显子模型的转录本数(Transcripts per kilobase of exon model per million mapped reads, TPM)

美拉尼西亚

美索美洲（Mesoamerica）

美洲

美洲原住民（Native Americans (NAs)）

蒙古语系(Mongolic)

蒙古族

蒙自人

孟-高棉（Mon-Khmer）

孟-高棉语系（Mon-Khmer languages）

孟德尔随机化分析（Mendelian Randomization, MR）

孟德尔遗传（Mendelian laws of inheritance）

孟人（Mon）

弥生人

弥生时代（Yayoi period）

米斯利亚洞穴（Misliya Cave）

苗瑶语（Hmong–Mien languages）

模拟退火(Simulated annealing approaches)

摩梭人（Mosuo）

磨沟遗址

末次冰消期（last deglaciation）

末次盛冰期 (Last Glacial Maximum,LGM)

末端校准(tip calibration)

母系氏族

木质部杆菌(Xylella fastidiosa)

纳-德内人（Na-Dené）

耐受型菌株（Hardy strains）

耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌（Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB）

南部非洲科伊桑语系(Southern African Khoisan, SAK)

南岛

南岛语(Austroasiatic language)

南美洲（South America）

南亚语(Austroasiatic language)

内边界膜（Inner Boundary Membrane, IBM）

内共生(endosymbiotic)

内共生体基因转移(endosymbiont gene transfer, EGT)

内含子

内涵体分选复合体（Endosomal Sorting Complex Required for Transport，ESCRT）

内体隔室（Endosomal compartment）

内亚山区走廊（Inner Asian Mountain Corridor, (IAMC))

内源性逆转录病毒（endogenous retroviruses, ERVs）

尼安德特人(Neanderthal)

尼格利陀人 (Negritos)

尼罗-撒哈拉语系(Nilo-Saharan)

尼日尔-刚果语系(Niger-Congo)

逆转录插入(retroposition)

鸟枪法(Shotgun)

宁夏

努拉吉（Nuragic culture）

努桑塔奥海上贸易和通信网络（Nusantao Maritime Trading and Communication Networks）

女娲基因组(NyuWa)

排湾族（Paiwan）

旁系同源基因(Paralogs)

嘌呤核苷酸磷酸化酶(Purine Nucleoside Phosphorylase,PNP)

漂变屏障(drift barrier)

平埔族群（Pingpu）

平均成对核苷酸差异数(π)

平均核苷酸一致性(Average Nucleotide Identity, ANI)

平行演化(Parallel evolution)

瓶颈效应(bottleneck)

泊松分布（Poisson Distribution）

婆罗洲猩猩(Pongo pygmaeus)

破坏性选择(disruptive selection)

葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症(Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase deficiency, G6PDD）

普遍型菌株（Ubiquitous strains）

谱系地理分析(phylogeography)

谱系地理统计(Statistical Phylogeography, SP)

谱系遗传分析(phylogenetic)

齐家文化

奇和

前馈神经网络(Feedforward Neural Networks, FNN)

前西班牙（pre-Hispanic）

羌族

切穆尔切克文化（克尔木齐文化，Chemurchek）

青藏高原

青铜时期(Bronze Age, BA)

轻链启动子(Light strand promoter, LSP)

区域特异性的单倍群

屈家岭文化(Qujialing culture)

趋同演化(Convergent evolution)

趋异进化

全基因组测序 (Whole Genome Sequencing, WGS)

全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing, wgMLST)

全基因组关联研究(Genome-wide association studies, GWAS)

全球流行克隆(International clones, ICs)

全新世(Holocene)

权重衰减(weight decay)

染色质构象数据(Chromatin conformation data, Hi-C)

染色质可及性(Chromatin accessibility)

人工神经网络(Artificial Neural Networks, ANN)

人口扩散(demic diffusion)

人类基因组计划二十年基石

人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus, HIV)

人类乳头瘤病毒(Human Papillomaviruses, HPVs)

日本

日期随机化检验(Date Randomization Tests, DRTs)

融生型民族

如何构思论文？

乳头瘤病毒(Papillomaviruses, PVs)

萨胡尔(Sahul)

塞门德（Semende）

赛拉特 (Selatar)

三苗部落

三羧酸循环（TCA）

三星堆遗址

桑巴基（Sambaquis）

山顶洞人

山戎

上山文化

上位性(Epistasis)

畲族

深度生成模型(Deep Generative Model, DGM)

深度学习(Deep learning)

肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinomas , ccRCCs)

生成对抗网络(Generative Adversarial Network, GAN)

生灭模型(birth-death model)

生态位(Ecological niche, niche)

生态物种(ecospecies)

生态型(ecotype)

生态学十大法则

生长分化因子15（Growth Differentiation Factor 15，GDF15）

绳文人

绳文时代

失义或功能丧失（LoF）

石峁遗址(Shimao)

石垣诸岛

时间复杂度（Time Complexity，TC）

屎肠球菌(Enterococcus faecium)

似然(likelihood)

似然比(Likelihood Ratio)

似然比检验(Likelihood Ratio Test, LRT)

适应度(fitness)

适应性指数(codon adaptation index, CAI)

菽（Glycine max）

黍（Panicum miliaceum）

鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis, Y. pestis)

竖穴墓

双精度(Double Precision)

双重假说

双转座子测序(Dual Tn-seq)

水平基因转移(horizontal gene transfer, HGT)

顺式遗传调控作用(cis-acting genetic control)

瞬时受体电位粘液脂蛋白（Transient Receptor Potential Mucolipin, TRPML）

斯虎尔（Skhul）

四坝文化（Siba culture）

四色问题

四种建树方法比较

松弛随机游走（Relaxed Random Walk ，RRW）

松嫩平原

苏门答腊猩猩(Pongo abelii)

宿主内部生态位特异性适应(Niche-specific adaptation within the host)

宿主适应(Host adaptation)

宿主跳跃(Host jump)

粟（millet）

溯祖理论(Coalescent theory)

酸性弯曲螺旋菌（Helicobacter acinonychis）

随机扩增多态 DNA (Random Amplified Polymorphic DNA, RAPD)

随机失活(dropout)

随机最小生成树（Randomized Minimum Spanning Tree，RMST）

塔岛技术悲剧

塔里木盆地（Tarim Basin）

拓扑学(topology)

台湾

碳-14测年法

陶家寨

陶寺文化(Taosi culture)

梯度(Gradient vector)

体细胞镶嵌型（somatic mosaicism）

替换积累速率（substitutions accumulate）

替换模型(Substitution models)

天花病毒(variola virus, VARV)

田园洞人

跳跃扩散(Leapfrog)

铁器时代（Iron Age，IA）

铁死亡（ferroptosis）

同形形质(Homoplasy)

同义突变(Synonymous mutation)

同源型变异

同源性(homology)

同源重组(Homologous recombination, HR)

同源重组区域（recombination of homologous,ROH）

同质性(Homoplasmy)

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)

统一流形近似和投影（Uniform Manifold Approximation and Projection,UMAP）

透彻理解p值与假设检验

突变率(mutation rate)

突发-漂变(burst-upon-drift, BUD)模型

突厥

突厥语系(Turkic)

图解核苷酸替换模型（Nucleotide substitution models）

图神经网络(Graph Neural Networks, GNN)

吐火罗语(Tocharian language)

推进波(Wave of Advance, WOA)

外显子重组(exon shuffling)

晚期定居年代模型(short chronology)

微共线性（microsynteny）

微进化(Microevolution)

维持性选择(balancing selection)

维吾尔族

伪异质性(pseudo-heteroplasmy)

卫藏藏族

为什么要学习贝叶斯统计？

温和链球菌(Streptococcus mitis)

文化搭便车（cultural hitchhiking）

文化扩散(cultural diffusion)

倭黑猩猩(Pan paniscus)

乌斯季伊希姆区（Ust’-Ishim）

乌孜别克族

无嘌呤或无嘧啶核酸内切酶1（Apurinic ,Apyrimidinic Endonuclease 1,APEX1)

无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)

无义变异(Nonsense variant)

西家人

西辽地区

希尔-罗伯逊效应(Hill-Robertson effect)

系统发育定位(Phylogenetic placement)

系统发育分层分析(phylostratigraphy)

系统发育积分速度（Phylogenetic Integrated Velocity, PIV）

系统发育率（phylogenetic rate）

系统发育树

细胞毒相关基因A (Cytotoxin-associated gene A, cagA)

细胞核-线粒体DNA片段(Nuclear-Mitochondrial DNA Segments, NUMTs)

细胞竞争（cell competition）

细胞外囊泡（Extracellular Vesicle (EV)）

细石器（microliths）

下田原文化（Shimotabaru Culture）

下一代测序(next-generation sequencing, NGS)

夏尔巴人

先验概率

籼稻

线粒体靶向的转录激活因子样效应核酸酶 (mitochondrial-targeted transcription activator-like effector nucleases, mitoTALEN)

线粒体的RSRS和rCRS的区别

线粒体定位信号(mitochondrial targeting signals, MTS)

线粒体呼吸链复合物I亚单位3（NADH Dehydrogenase Ubiquinone Flavoprotein 3,NDUFV3) 1

线粒体基因组维护外切酶1(Mitochondrial Genome Maintenance Exonuclease 1，MGME1) 1

线粒体内膜（Inner mitochondrial membrane，IMM）

线粒体融合蛋白2(Mitofusin 2,MFN2) 1

线粒体树的标识符

线粒体外膜（Outer Mitochondrial Membrane，OMM）

线粒体外膜通透性（mitochondrial outer membrane permeabilization,MOMP）

线粒体未折叠蛋白应激反应（mitochondrial unfolded protein response，UPRmt）

线粒体转录因子A（Transcription Factor A Mitochondrial，TFAM）

线粒体转录RNA（mt-tRNA）

线粒体DNA(Mitochondrial DNA, mtDNA)

线粒体DNA（mtDNA）的突变定义规则

线粒体DNA编码、在细胞质中翻译的蛋白质（mtDNA-encoded protein arising from cytosolic translation，mPACT）

线粒体DNA传播

线粒体DNA结构（mt-DNA structure）

线粒体DNA拷贝数（mtCN）

线性混合模型(Linear mixed models, LMMs)

限制性片段长度多态性(RFLP)

相对演化发散度（Relative Evolutionary Divergence, RED）

相近物种混合样本（species mixtures from closely related species）

相似度指标：基于单倍群频率

小河墓地（Xiaohe site）

辛塔什塔游牧文化（Sintashta pastoral cultures）

锌指核酸酶(Zinc finger nucleases, ZFNs)

新基因(New gene)

新疆

新生突变率（de novo mutation rate）

新石器时代(Neolithic)

新石器时代以来的文化表格

新世界

新仙女木期（Younger Dryas）

新异构体分化(new isoform divergence)

匈奴

修订剑桥参考序列(revised Cambridge Reference Sequence, rCRS)

序列多态性分析（Sequence Polymorphism Analysis）

序列型(Sequence type, ST)

序列质量分数

选择扫荡(selective sweep)

选择性死亡(selective deaths)

循环神经网络(Recurrent Neural Networks, RNN)

循环一致测序（Circular Consensus Sequencing，CCS）

巽他古陆（Sundaland）

巽他型牙齿

雅鲁藏布江

雅司螺旋体(Treponema pallidum pertenue, T.p.pertenue)

亚非语系(Afro-Asiatic)

亚群特异性变异(Subpopulation-specific variants, SSVs)

烟酰胺单核苷酸（Nicotinamide Mononucleotide，NMN）

严格分子钟(strict clock)

颜那亚文化（Yamna culture）

杨子恒

仰韶文化(Yangshao culture)

氧化磷酸化系统调节蛋白1（Oxidative Phosphorylation System Regulator 1,OMA1） 1

氧化烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）

遗传搭便车(genetic hitchhiking)

遗传负荷(genetic load)

遗传混合假说(The genetic admixture hypothesis)

遗传力（heritability）

遗传漂变(genetic drift)

异龄联合（heterochronic parabiosis）

异时性序列（heterochronous sequence）

异速性(heterotachy)

异源同源基因(Xenology)

异质性(Heteroplasmy)

因纽特人（Inuit）

隐马尔科夫模型(Hiden Markov Model, HMM)

印度-伊朗语（Indo-Iranian languages）

印欧语系(Indo-European languages)

英国生物银行（UK Biobank ,UKB）

英国十万人基因组计划（100,000 Genomes Project in England）

幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori, Hp)

尤尔模型(Yule model)

尤皮克人（Yupik）

铀-钍定年法

游牧民族

有效样本量(Effective sample size, ESS)

有效种群大小(Effective population size, Ne)

语言概览

预测编码序列 (Predicted Coding Sequences, CDS)

元谋人

原猴亚目（Strepsirrhini）

原生生物(Protist)

原生型民族

远大洋洲(Remote Oceania)

月氏国

阅读框移变(reading frameshift)

云基因(cloud genes)

云南

早期定居年代模型(long chronology)

早停(early stopping)

增强子捕获分化模型('enhancer capture divergence' model)

粘液样脂肪肉瘤（myxoid liposarcoma）

占婆王国（ChămPa Kingdom）

长程单倍型（long-range haplotypes）

长读取测序技术

长读长 DNA 测序技术

长距离引物

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)

长末端重复元件（Long Terminal Repeat elements, LTR）

长散布核元件(Long Interspersed Nuclear Elements, LINEs)

长枝吸引(long-branch attraction, LBA)

召回率(recall)

整合应激反应（integrated stress response (ISR)

正选择(Positive selection)

直系同源基因(Orthologs)

直系同源基因（Orthologs）与旁系同源基因（Paralogs）

直系同源基因分配(Orthology Assignment)

直系同源假说(Orthology conjecture)

致病岛(Pathogenicity islands)

置信区间

中国北方

中国东北

中国东南

中国南方

中国西北

中国西南

中国新石器时代文化

中国型牙齿

中华民族

中华文明本土说

中性理论(Neutral Theory)

中亚中心地带假说(Central Asian heartland hypothesis)

中原地区

中值连接网络（Median-Joining Network，MJN）

终止获得性变异(Stop-gain variant)

种群分支统计（Population Branch statistic，PBS）

种群结构分析（ADMIXTURE）

种群配对Fst值（Population pairwise Fst values）

重建的智人参考序列(Reconstructed Sapiens Reference Sequence, RSRS)

周期性选择(periodic selection)

烛台理论

主成分分析(Principal Component Analysis，PCA)

主成分判别分析 (DAPC)

主成分判别分析和主成分分析的异同

转导(Transduction)

转化(Transformation)

转换(transition)

转录激活因子样效应核酸酶(Transcription activator-like effector nucleases, TALENs)

转座酶可及染色质测定(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing, ATAC-seq)

转座元件(Transposable Elements)

转座子(Transposable elements, TEs)

壮侗语(Kra–Dai languages)

准确率(accuracy)

自举(Bootstrap)

自然选择(natural selection)

子树修剪-再接枝(Subtree-Pruning-and-Regrafting, SPR)

宗日遗址

综合单倍型评分（integrated haplotype score, iHS）

综合注释依赖耗减分值（Combined Annotation Dependent Depletion，CADD）

祖先反卷积（Ancestry deconvolution）

祖先分化（ancestral divergence）

最大等位基因频率（Maximum Minor Allele Frequency，Max MAF）

最大后验概率(Maximum posterior probability, MAP)

最大简约法(Maximum Parsimony, MP)

最大似然法(Maximum Likelihood, ML)

最低成本树状网络（Minimum-cost Arborescence Network, McAN）

最后真核共同祖先(last eukaryotic common ancestor, LECA)

最近共同祖先(Most recent common ancestor, MRCA)

最近邻交换(Nearest-Neighbor-Interchange, NNI)

最小成本路径（Least Cost Path, LCP）

最小生成网络（Minimum Spanning Network，MSN）

All of Us（AOU）

Alu元件

BSX-BAK巨孔

cag致病岛(cag pathogenicity island, PAI)

CpG甲基化

Cre-lox 系统

cross-population extended haplotype homozygosity (XP-EHH)

D 统计量检验（Patterson’s D statistic）

DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑工具(DddA derived cytosine base editors，DdCBEs)

DNA翻片（DNA flap）

DNA聚合酶

DNA双链断裂(DSB)

EPIYA基序(EPIYA motif)

Epstein-Barr病毒转化

f-3统计

f-4统计(没看懂）

f-统计（f-statistics）

F1分数(F1 score)

Fu’s FS

HyPhy(Hypothesis testing using phylogenies)

Illumina测序

integrated haplotype score (iHS)

k-位碱基序列(k-mer)

KhoeKwadi语系

Kx’a语系

Leigh综合征

LINE-1 元件（Long Interspersed Nuclear Element-1）

Max MAF

MCAT基因（Mitochondrial Carnitine Acylcarnitine Carrier）

MELAS综合症（Mitochondrial Encephalomyopathy, Lactic Acidosis, and Stroke-like Episodes）

MESH1

Metropolis耦合马尔科夫链蒙特卡洛(Metropolis coupled Markov chain Monte Carlo, MC³)

Ohno悖论(Ohno's dilemma)

Oxford Nanopore Technologies牛津纳米孔测序技术 (ONT)

p-距离矩阵(Proportional Distance Matrix, p-distance matrix)

Pacific Biosciences测序技术（SMRT,PacBio）

PR结构域锌指蛋白9（PRDM9）

qpAdm

S-腺苷甲硫氨酸 (SAM)

SH-近似似然比检验(Shimodaira-Hasegawa approximate likelihood ratio test, SH-aLRT)

singleton density score (SDS)

t-分布随机近邻嵌入（t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding,t-SNE）

Tajima's D

Telomere-to-telomere（T2T）

Templeton Crandall Sing 算法（Templeton Crandall and Sing algorithm，TCS）

TfamOE（Over expression of TFAM）

TreeMix分析（TreeMix analysis）

Tuu语系

Twinkle基因（TWNK）

TwOE（Over expression of Twinkle）

VAF

Watterson 估计量（θw）

WSL(Windows subsystem for Linux)

Y-染色体结构

Y-DNA（Y-染色体）

Y染色体男性特异性区域 (The male-specific region of the Y chromosome, MSY)

Z值

如何搭建个人静态网站

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脚注的使用

callout语法

Latex语法符号大全